Choroby jamy ustnej biorą się najczęściej z zaniedbań natury higienicznej, skaleczeń, oparzeń i innych podrażnień, a u osób starszych mogą być wywołane wysuszeniem śluzówki i podrażnieniami wywołanymi niedopasowaną protezą zębową. Zapalenie śluzówki jamy ustnej może być wywołane infekcjami grzybiczymi, bakteryjnymi i wirusowymi. Problemy z kondycją jamy ustnej mogą pojawiać się także wskutek niedoborów witamin z grupy B i witaminy C, a także chorób ogólnoustrojowych.